聯發科有關高達17億臺幣營業所得稅爭訟事件，“臺北高等行政法院”二審判決聯發科敗訴，雖仍有上訴機會，但情況并不樂觀，聯發科恐將面臨必須補繳此一巨額稅款的命運。
聯發科依據2001年12月增修的新獎勵辦法，認為該公司所申請2002年度與2003年度就第2次第5年免稅產品營業收入，自行銷售經核準投資完成的設計和所產制產品的所得，屬于新獎勵辦法免稅所得范圍，可以享受免稅的優惠措施。
這件牽涉到總額高達17億臺幣營業所得稅官司，在今年2月間，聯發科獲得“臺北高等行政法院”判決勝訴，法院將原補稅處分及訴愿決定關于列報第2次5年免稅所得額不利于聯發科部分均撤銷。
但相關部門隨即上訴，“臺灣最高行政法院”今年8月20日判決，原判決廢止，發回“臺北高等行政法院”再審。
“臺北高等行政法院針”對“臺灣最高行政法院”發回意見中，所質疑聯發科到底是適用新、舊獎勵辦法部分，進一步審查“臺灣經濟部工業局”、“科管局”等相關核準聯發科的函件內容，最后認為，聯發科申報的第2次5年免稅案的免稅范圍，適用2001年2月20日發布的舊獎勵辦法。因此認定，按75%計算其所新增投資計劃的產品收入凈額，以核算聯發科2002及2003年度免稅所得額，并沒有不合法的地方。
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