1873年日本發生政變，一直庇護三井、支援郵政蒸汽會社的井上馨等長州派政治家逐漸失勢。結果，井上辭去內閣職務，澀澤也跟著辭職。不過，澀澤城府頗深，他已準備好后路，即與小野共同出資，設立第一所國立銀行，由他本人擔任總監。這年10月，大隈重信出任大藏大臣。11月，大久保利通被任命為內閣大臣。大久保利通、大隈重信等文人派勢力大長，武人派遭到排擠，乃至放逐。巖崎彌太郎一直與文人派保持密切的聯系。

    1874年，日本西鄉從道出兵侵略大清帝國的臺灣島。彌太郎積極向大久保利通請示承攬一切軍需輸送工作。大久保利通同意以771萬日元為政府購得13艘汽船，托與三菱，從這時候開始，澀澤的郵政蒸汽公司與三菱商會的地位顛倒過來。

    1877年日本國內發生西南戰爭。大久保利通等時刻關注戰況，深夜與大隈重信商量，破格優待彌太郎，以15年分期貸款償還的方式，借給彌太郎345萬日元資金，購買10艘船，讓三菱商社全面協助軍事運輸；等到戰后，將這些船全數送給三菱公司。在西南之役8個月期間，政府花在船運上的費用高達1300萬日元，相當于戰爭總費用的三分之一，其中大部分被三菱公司賺去。

    1877年，三菱共擁有61艘汽船，噸位高達35464噸，占日本全國汽船總噸數的73%，三菱公司一躍成為海上霸王。從此，彌太郎以汽船為中心，將事業范圍擴大到匯兌業、海上保險業、倉儲業等。

    正當三菱獨霸海運，業務如日中天之際，澀澤榮一與三井物產公司的董事長益田孝商量，糾集敵視三菱的地方船只、批發商、貨主，采取涉澤最擅長的合股方式，創立一家大型海運公司，企圖對“驕恣”的彌太郎進行反擊。他們成立的新公司取名“東京風帆船會社”，頭?。ㄏ喈斂偨浝恚┯蓾瓭蓸s一的堂弟澀澤喜作擔任。

    面對來勢兇猛的威脅，巖崎彌太郎迅速召集會議尋求對策。首先，三菱公司展開了全面的離間行動。彌太郎先派得力干將在地方上說動當地的富戶，不要投資經營困難的海運公司，而接受三菱全面的幫助，組織物產公司。結果，準備投資或已經投資東京風帆船會社的地方實力派，都紛紛抽身，借重三菱的協助，成立物產公司，與涉澤、三井競爭。

    其次，彌太郎還通過媒介大造輿論，攻擊涉澤、三井一派。

    1881年，當權者大隈重信被反對派排擠，被迫下臺，而另一位彌太郎的支持者大久保利通也早已被殺。明治政府內部己無人能幫助彌太郎的三菱。而與三井息息相關的井上、同縣及伊藤等長州人物開始掌權。下野的大隈重信組織改進黨與政府相抗衡，彌太郎鼎力支持大隈的反政府運動。于是，形成“長州藩閥政府加三井財閥”的聯盟對抗“大隈的改進黨加三菱”的聯盟的局面。對彌太郎而言，真正的龍爭虎斗才剛開始。

    1882年明治當局計劃成立一個打垮彌太郎三菱公司的大海運公司，由澀澤出面，井上馨贊助，農商大臣品川負責指揮。規?？涨暗拇蠊?mdash;—共同運輸公司按計劃成立。

    1883年1月，共同運輸公司將東京風帆船會社的三家公司合并。社長向英國訂購最新式的船只，啟航后，其航線與三菱公司航線完全一樣，于是“天下大角力終于開始”。

    兩家公司為了搶乘客，搶業務，幾乎是“不擇手段”。在危機四伏的情況下，彌太郎以堅定的信念、高昂的斗志、超人的嗎謀略與共同公司角逐。他既重視對方的變化，以便采取相應的對策，也非常注意內部整頓。他將公司重新改組，裁撤冗員，削減開支，采取徹底抗戰的姿態。他的心腹近藤廉平（日本郵船社長）利用一張公司便箋寫私信，彌太郎發現后，居然立刻給予他從月薪（70元）中扣除15元的處分。

    1884年，每噸汽船的平均收入三菱為100元，共同公司只有50元。與共同公司的競爭，三菱雖獲得了勝利，然而，赤字的打擊使它元氣大傷。此時，共同公司也精疲力竭，其股票在1884年下半年已陷入毫無紅利的窘境，股價落到面額的2/3以下，持股人爭相拋售。彌太郎抓住機會，秘密收購這些拋出的共同公司股票。

    到1884年末，彌太郎已控制過半數的股權。這樣一來，共同公司的高級管理者與股東亂作一團，加上政治、經濟形勢發生變化，自由民權運動逐漸普及到貧民層，演變得過于激烈。1884年12月15日，農商務卿兩方從道為使兩家公司白熱化競爭降溫，訂立了關于兩家公司船只出發時間、速度的規定。1885年2月5日，在政府的斡旋下，兩家公司在運費、出發時刻、承包人、船員雇用等方面達成臨時協定。

    1885年2月7日，巖崎彌太郎由于飲酒過量，再加上日日勞心，胃癌難愈，與世長辭。其弟巖崎彌之助繼承了他未竟的事業。

    巖崎彌太郎死后不久，共同公司與三菱公司的臨時協定又宣告破裂。彌之助列舉了共同公司對協定背叛的事實，發出最后通蝶。于是戰端重開，彌之助為了表達自己對政府偏袒共同公司的不滿，揚言要將彌大郎時代向政府申請的輔助金全數償還，并且將所有的船只集中在品川外海引爆。政府方面原先不相信會這么做，但彌之助居然真的退還3200多萬日元，使得政府人員開始感到提心。如果彌之助真的引爆船只，社會輿論必會交相指責政府，因此，他們不得不更換共同公司的社長，任命溫和的森岡昌純為新社長。森岡昌純上任后不久就與彌之助進行秘密會談，討論兩家公司合并之事。

    1885年10月1日，兩家公司合并成立日本郵船公司。共同公司出資600萬，三菱公司出資500萬。由于共同公司股份分散，加上很多股票早已被三菱秘密收購，實際的權力彌之助并不吃虧。后來，這家新公司終于成為日本最大的公司，同時，高級干部很多都是三菱一系的人。至此，兩家公司的激烈競爭最終告一段落。彌太郎的4個女婿中，加藤高明及幣原喜重郎2人后來成為日本首相。

    巖崎彌太郎雖然英年早逝，但也給三菱公司留下了寶貴的精神財富。三菱的后繼者正是以巖崎精神為基去闖、去拼，把三菱公司迅速由“海上王國”推向“陸上王國”。