為了貫徹落實《國家中長期科學與技術發展規劃綱要（2006-2020年）》，推動我國重大科研儀器設備自主研制工作，中央財政撥專款設立國家重大科研儀器設備研制專項（以下簡稱重大科研儀器專項）。重大科研儀器專項由國家自然科學基金委員會負責管理，立項建議由有關部門組織推薦。試點期間暫由教育部和中國科學院作為項目組織推薦部門。
 
一、重大科研儀器專項的定位
 
      根據國家科學和經濟社會發展戰略布局，面向科學前沿和國家需求，以科學目標為導向，加強頂層設計、明確重點發展方向，鼓勵和培育具有原創性思想的探索性科研儀器研制，著力支持原創性重大科研儀器設備研制工作，為科學研究提供更新穎的手段和工具，推動科技資源共享，全面提高我國科學研究原始創新能力。
 
二、重大科研儀器專項資助范圍
 
     （一）對于促進科學發展、開拓研究領域具有重要作用的原創性科研儀器設備的研制；
 
     （二）通過關鍵核心技術突破或集成創新，用于發現新現象、揭示新規律、驗證新原理、獲取新數據的科研儀器設備的研制。
 
三、重大科研儀器專項管理職責
 
    自然科學基金委負責重大科研儀器專項管理，主要職責包括：制定相關的管理辦法，組織項目的推薦、申報、評審、批準、跟蹤檢查、驗收、后評估以及成果管理。
 
     項目組織部門是指國家或地方相關主管部門，是重大科研儀器專項實施單位的組織者。主要職責包括：推薦項目，組織管理和監理等工作。負責建立有效的激勵機制和評價機制，會同自然科學基金委組建項目專家組并組織專家組對項目進行論證，引導科技人員和管理人員持續開展科研儀器設備自主創新研究。
 
     項目承擔單位是項目的具體實施主體，必須在相關領域具有長期積累和明顯的技術與人才優勢。主要職責包括：提出項目立項申請；組織成立項目管理工作組、技術專家組和用戶委員會；聯合國內優勢力量協同攻關；管理項目經費，提供項目實施所需的相應保障條件；主動配合項目過程監理，保證按時、按要求完成既定目標。
 
四、重大科研儀器專項工作程序
 
（一）組織推薦立項建議、限項規定
 
     自然科學基金委計劃局根據當年預算和專家委員會的咨詢意見確定當年征集項目數量，通知項目組織部門推薦立項建議。
 
     該專項與科技部同類相關項目進行共同限項檢索，項目負責人同期申請或承擔此類專項限為1項。但不納入自然科學基金委其他項目的限項范圍。
 
（二）遴選并確定立項建議
 
     自然科學基金委計劃局將立項建議提交相關科學部，由科學部專家咨詢委員會進行遴選建議立項項目。
 
（三）填報《項目申請書》
 
（四）項目初審及論證
 
      自然科學基金委相關科學部對項目申請書進行初審,初審合格的項目由項目組織部門會同自然科學基金委相關科學部組織專家組進行論證并提出論證意見。需要修改完善的，由項目組織部門通知項目承擔單位對申請書進行修改完善。
 
（五）項目審批
 
      自然科學基金委組織專家委員會對通過項目專家組論證的項目進行評審，由項目申請人報告申請書主要內容，專家組組長向專家委員會介紹建議立項項目論證情況，經過充分討論后以無記名投票方式確定建議資助項目，報自然科學基金委委務會審批。
 
（六）結果公布
 
     自然科學基金委公布重大科研儀器專項的審批結果。
 
五、有關注意事項
 
     （一）項目承擔單位應按要求撰寫《國家重大科研儀器設備研制專項立項建議書》（簡稱《立項建議書》），《立項建議書》電子表格可在自然科學基金委網頁（www.nsfc.gov.cn）的“下載中心”下載。
 
     （二）項目承擔單位應在規定時間內，將《立項建議書》提交到所屬部門，由部門統一推薦到自然科學基金委。